ＭＡＣは分かりませんが、ＷＩＮＤＯＷＳではリンクアイコンを大量にデスクトップに貼るのは動作不安定の元となります。
私は各ＩＴ現場での作業ではドキュメントフォルダ内にリンク用のサブフォルダを作成し、その中に更に分類別のサブフォルダを作り、そこに各リンクフォルダを格納しています。
このリンク用サブフォルダを定期的にバックアップしておけば、何かＰＣに不具合があったときにも、すぐ復旧できます。

そもそも不具合になる要因は、マイクロソフトのメモリ管理周りの設計が悪いせいなんですが。

自宅のＷＩＮＤＯＷＳ機ではファイラーと呼ばれるツールで、フォルダ間のファイルコピー／移動／フォルダ同期、ファイルの圧縮／解凍、共有フォルダの管理、ファイルの閲覧や編集を行っています。ネットワークフォルダに対するリンクアイコン等の作成は、このソフトのおかげで自宅では不要になっています。